对于原料药废水的处理，主要采用预处理+生化处理+深度处理三个工艺流程。预处理是为生物氧化做准备，将废水中的悬浮物、杂质采用混凝沉淀的方式进行去除。去除了大多数悬浮物的废水，看水质中的颗粒物或油脂等情况，先对水质进行适当的调节，比如稳定pH值和温度，采用气浮的方式来进行分离。

混凝沉淀的方法是向废水中添加混凝剂，使得废水中的杂质可以相互碰撞，并凝聚在一起，在重力的作用下快速下沉到底部。如果颗粒物分散在废水中，或存在较长时间的悬浮。常见的混凝剂包括硫酸铝或聚合硫酸铁等，将废水中的颗粒物凝聚起来才能沉下来，如果不能凝聚起来，就很难沉下来。气浮的原理是靠向废水中充入空气，在废水中破碎为更细小的气泡。气泡在废水中具有表面张力，能够将颗粒物或油脂等吸附在气泡的表面，并上升到废水的表面。通过特有的刮渣系统，可以将上浮到表面的颗粒物或油脂给分离去除。废水中的气泡越小，越均匀，就越能够更多的吸附废水中的颗粒物，分离效果就越好。

接着要对废水中的有机物或盐分进行处理，如果有机物浓度高、成分复杂、难以生物降解。此时，可以采用除盐+IC内循环反应器的方法预处理，也可以使用铁碳-芬顿、微电解、催化氧化等工艺。当预处理后的水质参数符合生物氧化的条件时，对废水物理或化学因素进行调节，使用“UASB+MBR”或“水解酸化+厌氧反应池+A2O生化处理”等工艺进行。基本上遵循的是先厌氧后好氧，或厌氧和好氧交叉进行的方式。常用的厌氧法包括水解酸化、上流式厌氧活性污泥法（UASB）、厌氧折流板等，常用的好氧处理法有接触氧化法、序批式间歇活性污泥法（SBR）、深井曝气法、膜生物氧化法（MBR）等。

厌氧反应是好氧处理的基础，将大分子的有机物分解为小分子的有机物或无机物、气体，然后对小分子有机物进行好氧处理。好氧处理是在充氧的环境条件下，高效微生物和废水中的有机小分子物质发生代谢反应的过程。代谢产物会采用沉淀或气浮的方式进行分离去除，在厌氧和好氧处理的过程中，活性污泥的利用率是提高污水处理的关键因素。活性污泥中微生物的代谢反应不仅由内部的质量决定，还受到外界因素的影响。调节温度和pH值在最佳的范围内，可以实现高的氧化处理效率。