在化学合成制药生产过程中，会有大量的废水排出来。一定要进行严格的处理，并达到规定的标准才能有序排放。如何在达标排放的基础上，提高处理效率和降低运维成本，是废水处理发展的重点，也是对废水处理技术和方法，有不断创新进步的客观要求。

制药废水生产的流程比较长，反应过程复杂，副产物多，可生物降解性差。某些制药生产过程中含有高浓度的盐分，高浓度的盐分能够让微生物脱水而死亡。如果废水中存在高浓度的盐分，对微生物生长是有很强的抑制作用。如果废水中的盐分过高，在使用生物氧化之前，就要先进行脱盐处理。除了盐分外，还有一些其他的影响微生物生长的因素，比如悬浮物、颗粒物、重金属、大分子有机物等。生物氧化之前要进行的步骤，就是废水处理的预处理过程。预处理过程并不是随意的，而是一系列的、有先有后的方法搭配而成的工艺。

一般的预处理是要先使用物理的方法，将废水中的悬浮物、颗粒物或油脂给过滤分离出去。保留均质的废水，才能对水质参数有准确的检测。当废水的水质均匀了，在管道内流动才不容易堵塞或腐蚀。在使用化学氧化的时候，就有了准确的药剂投放的依据，不会出现过少效果不佳，过多出现二次污染现象。化学氧化的过程是为了解决废水中高浓度、大分子、难生物降解的有机物。化学方法的使用通常要物理技术配合，才能达到事半功倍的效果。对废水的水质进行调节，以满足物化方法的有效进行下去。一般使用的方法有微电解、铁碳-芬顿等技术，也可以脱盐后使用IC反应器来做预处理。

厌氧的过程是将废水中大分子有机物降解为小分子有机物，并产生大量的气体，主要成分为甲烷和二氧化碳，通过脱硫处理后可以作为清洁能源使用。厌氧反应一般是在靠活性污泥中的微生物和废水中的有机物，在缺氧的环境中发生氧化代谢。为了提高厌氧的效率，就要充分保证微生物的活性，降低废水在反应器内的停留时间。降低停留时间，就是要提高循环频率。常用的厌氧处理设备是水解酸化、上流式厌氧活性污泥法（UASB），厌氧折流板等。

厌氧后是要进行好氧处理的，好氧处理的方法一般包括接触氧化法，深井曝气池，序批式间歇活性污泥法（SBR）和膜生物氧化法（MBR）等。并不是设备越高级越好，不仅要根据工艺来确定，还要考虑运维和处理成本。对工艺方法进行有效组合，是处理成功的核心，也是提高效率、降低成本的关键。不仅要考虑因时制宜，因地制宜，更多是统筹规划。在前期有充分的考虑，稳定而成熟的工艺，才会降低后期的可能出现的问题。